2022年5月，市場監管總局依據《反壟斷法》對知網涉嫌實施壟斷行為立案調查。調查期間，市場監管總局成立專案組，依法扎實高效、穩妥有序推進案件查辦，對知網進行現場檢查，獲取大量證據材料；對其他競爭性平臺和大量用戶廣泛開展調查取證；對本案證據材料進行深入核查和大數據分析；組織專家反復深入開展研究論證；多次聽取知網陳述意見，保障其合法權利。
經查，知網在中國境內中文學術文獻網絡數據庫服務市場具有支配地位。2014年以來，知網濫用該支配地位實施壟斷行為。一是通過連續大幅提高服務價格、拆分數據庫變相漲價等方式，實施了以不公平的高價銷售其數據庫服務的行為；二是通過簽訂獨家合作協議等方式，限定學術期刊出版單位、高校不得向任何第三方授權使用學術期刊、博碩士學位論文等學術文獻數據，并采取多種獎懲措施保障獨家合作實施。調查表明，知網實施不公平高價、限定交易行為排除、限制了中文學術文獻網絡數據庫服務市場競爭，侵害了用戶合法權益，影響了相關市場創新發展和學術交流傳播，構成《反壟斷法》第二十二條第一款第（一）項、第（四）項禁止的“以不公平的高價銷售商品”和“沒有正當理由，限定交易相對人只能與其進行交易”的濫用市場支配地位行為。
根據《反壟斷法》第五十七條、第五十九條規定，綜合考慮知網違法行為的性質、程度、持續時間和消除違法行為后果的情況等因素，2022年12月26日，市場監管總局依法作出行政處罰決定，責令知網停止違法行為，并處以其2021年中國境內銷售額17.52億元5%的罰款，計8760萬元。同時，堅持依法規范和促進發展并重，監督知網全面落實整改措施、消除違法行為后果，要求知網圍繞解除獨家合作、減輕用戶負擔、加強內部合規管理等方面進行全面整改，促進行業規范健康創新發展。