知識產權海關保護，是指海關對與進出口貨物有關并受中華人民共和國法律、行政法規保護的商標專用權、著作權和與著作權有關的權利、專利權（以下統稱為知識產權）實施的保護。
海關作為進出口貨物的管理機關，發現侵權嫌疑貨物時可以及時對該批貨物進行扣押，并通知權利人進行確認。因海關知識產權保護這一程序的及時性、有效性等優點，近年來，這一手段越來越受到知識產權權利人的重視。但也有眾多企業，尤其是國外企業對中國的知識產權海關保護不甚了解。
知識產權權利人是以請求海關扣留侵權嫌疑貨物的方式來達到知識產權保護的目的。而海關扣留侵權嫌疑貨物主要有以下兩種執法方式。
依申請：知識產權權利人發現侵權嫌疑貨物即將進出口，向貨物進出境地海關提出扣留侵權嫌疑貨物的申請，并提供擔保。符合規定的，海關應當扣留侵權嫌疑貨物（《中華人民共和國知識產權海關保護條例》第12條～15條）。
依職權：海關發現進出口貨物有侵犯備案知識產權的嫌疑，書面通知知識產權權利人。知識產權權利人應自通知送達之日起3個工作日內通知海關是否申請扣留侵權嫌疑貨物。知識產權權利人在規定時間內申請扣留侵權嫌疑貨物，并提供擔保的，海關應當扣留侵權嫌疑貨物（《中華人民共和國知識產權海關保護條例》第16條，第20條）。
因“依申請”方式需要知識產權權利人事先做大量的調查才有可能掌握侵權嫌疑貨物的進出口信息，如進出口海關、進出口時間等，因此在實務中，權利人自行發現侵權嫌疑貨物的進出境信息并申請扣留侵權嫌疑貨物的情況比較少，隨之其在海關保護知識產權執法中占據的比例也相應比較低。
而知識產權權利人在海關備案知識產權后，因海關有義務對備案知識產權予以保護，且近年來，中國海關將知識產權保護作為重點工作，通過加強對進出口貨物的實際監管、增加執法資源的投入、加強風險管理技術等手段，積極主動地開展保護知識產權的執法活動。所以在實務中“依職權”的執法模式較為普遍。